自一九四○年代至一九八○年代，欧美研究人员对代祷的科学探究一直争论不休，例如：代祷疗效能否（或应否）进行实验吗？什么模式和标准来评估代祷成效？学者们视代祷治病纯粹为「放松反应」（relaxation response）或「安慰剂效果」（placebo effect，即用非药疗安慰剂治疗病情好转）。不过，研究人员为了排除任何心理作用，就运用双盲实验设计，即研究人员、病者与代祷者彼此不认识及无法接触。一九八八年心脏科专家R. C. Byrd的团队运用双盲实验、量化指标和样本数量等方法研究代祷对心脏病患者的功效，结果有正面功效。当时引起医学界很大的迴响，部份学者认为科学化医学与超自然宗教简直是牛头不对马嘴，去信质询刊登此论文的医学期刊主编。该主编、为病理学科专家J. B. Thomison回应指论文「已通过惯用的评审过程，评定为正确的报告，设计和实验合乎科学考察，才推荐刊登」。

　　一九九九年有研究人员再做一九八八年研究，免疫及过敏病科专家W. S. Harris的团队除了跟随当时期的研究方法外，还将病者随机分组，对不同组别实施不同的干预，在这种严格的条件下对照效果的不同，此方法可抵消预知和未知的混杂因素对各组的影响。这研究结果发现代祷能为病患会带有正面功效。此论文在美国医学学会属下的期刊发表后，又掀起新一轮宗教与医学之争，胸肺内科专家D. Sandweiss批评这研究属伪科学，但肾脏科专家M. Galishoff与九位医生联署指：「真正的结论或许是，神的恩典是大于我们的技能和广大的工具。」Harris澄清地指此研究的重点是代祷治病，而非神应允祈祷或神存在。哈佛医学院身心管理主任H. Benson为了终止这场争议，花了十年再研究代祷对接受冠心搭桥手术病人的功效，并在二○○六年发表，其结果是未有显着功效。专门研究祈祷实验的宗教系副教授C. G. Brown解释Benson未能重复Byrd和Harris的结果，主因是Benson没有模仿之前的研究方法，挑选重生得救基督徒及那些相信神会应允祷告的信徒。他只邀请美国基督徒事工组织「安静合一祷告事工」（Silent Unity Prayer Ministry）。Brown质疑该组织的信众祈祷留于形式化和受人指导，偏离了传统基督教的精神。

　　二○○九年Brown与医学团队到莫桑比克（Mozambique）测试代祷对听障人士和视障人士的功效。他们放弃采用双盲实验设计，却按手在病患者的头部上，持续一至五分钟祷告，以及给病患者拥抱。结果显示十四人中有十八只耳朵听力有改善，其中有两名听障者接受代祷后，可听到50分贝以下的声音（属一般人通常的音量）。十一位视障者中有三位视力由20/400（属严重低视力）改善至20/80（属中度低视力）。她再往巴西进行同样实验，结果显示廿三位视障者中有十一位双目视力得以改善，并有六位左眼和六位右眼视力出现改善。后来她又转往美国西雅图和华盛顿进行研究，结果显示十七位听障者和视障者中只得两位有改善。Brown发现研究在已发展地区进行，结果是较强差人意的。不过历来对代祷的科学实验都采取一定数量样本进行研究，由三百至三千个样本，为确保结果的准确性。相比之下，Brown的研究样本数量较小，可能影响其有效度和可靠度。

　　总观之，过去的代祷实验操作介定并不一致，哪一种代祷才适用，遥距还是按手？代祷的时间长度和频率如何介定？多少人代祷才会有效？代祷者的生命和信心会否有影响？不论如何，笔者期望代祷研究有进一步的探究，假设科学能验证代祷具功效的，这样其疗效的原因与机制是什么？代祷对身体结构会带来怎样变化的影响？在神学上亦需要探讨，如果神是全知、全能及看顾世人，他是否需要人类来提醒或催促，才会治愈某人？神如何借代祷介入病患者身上？