自一九四○年代至一九八○年代，歐美研究人員對代禱的科學探究一直爭論不休，例如：代禱療效能否（或應否）進行實驗嗎？甚麼模式和標準來評估代禱成效？學者們視代禱治病純粹為「放鬆反應」（relaxation response）或「安慰劑效果」（placebo effect，即用非藥療安慰劑治療病情好轉）。不過，研究人員為了排除任何心理作用，就運用雙盲實驗設計，即研究人員、病者與代禱者彼此不認識及無法接觸。一九八八年心臟科專家R. C. Byrd的團隊運用雙盲實驗、量化指標和樣本數量等方法研究代禱對心臟病患者的功效，結果有正面功效。當時引起醫學界很大的迴響，部份學者認為科學化醫學與超自然宗教簡直是牛頭不對馬嘴，去信質詢刊登此論文的醫學期刊主編。該主編、為病理學科專家J. B. Thomison回應指論文「已通過慣用的評審過程，評定為正確的報告，設計和實驗合乎科學考察，才推薦刊登」。

　　一九九九年有研究人員再做一九八八年研究，免疫及過敏病科專家W. S. Harris的團隊除了跟隨當時期的研究方法外，還將病者隨機分組，對不同組別實施不同的干預，在這種嚴格的條件下對照效果的不同，此方法可抵消預知和未知的混雜因素對各組的影響。這研究結果發現代禱能為病患會帶有正面功效。此論文在美國醫學學會屬下的期刊發表後，又掀起新一輪宗教與醫學之爭，胸肺內科專家D. Sandweiss批評這研究屬偽科學，但腎臟科專家M. Galishoff與九位醫生聯署指：「真正的結論或許是，神的恩典是大於我們的技能和廣大的工具。」Harris澄清地指此研究的重點是代禱治病，而非神應允祈禱或神存在。哈佛醫學院身心管理主任H. Benson為了終止這場爭議，花了十年再研究代禱對接受冠心搭橋手術病人的功效，並在二○○六年發表，其結果是未有顯著功效。專門研究祈禱實驗的宗教系副教授C. G. Brown解釋Benson未能重複Byrd和Harris的結果，主因是Benson沒有模仿之前的研究方法，挑選重生得救基督徒及那些相信神會應允禱告的信徒。他只邀請美國基督徒事工組織「安靜合一禱告事工」（Silent Unity Prayer Ministry）。Brown質疑該組織的信眾祈禱留於形式化和受人指導，偏離了傳統基督教的精神。

　　二○○九年Brown與醫學團隊到莫桑比克（Mozambique）測試代禱對聽障人士和視障人士的功效。他們放棄採用雙盲實驗設計，卻按手在病患者的頭部上，持續一至五分鐘禱告，以及給病患者擁抱。結果顯示十四人中有十八隻耳朵聽力有改善，其中有兩名聽障者接受代禱後，可聽到50分貝以下的聲音（屬一般人通常的音量）。十一位視障者中有三位視力由20/400（屬嚴重低視力）改善至20/80（屬中度低視力）。她再往巴西進行同樣實驗，結果顯示廿三位視障者中有十一位雙目視力得以改善，並有六位左眼和六位右眼視力出現改善。後來她又轉往美國西雅圖和華盛頓進行研究，結果顯示十七位聽障者和視障者中只得兩位有改善。Brown發現研究在已發展地區進行，結果是較強差人意的。不過歷來對代禱的科學實驗都採取一定數量樣本進行研究，由三百至三千個樣本，為確保結果的準確性。相比之下，Brown的研究樣本數量較小，可能影響其有效度和可靠度。

　　總觀之，過去的代禱實驗操作介定並不一致，哪一種代禱才適用，遙距還是按手？代禱的時間長度和頻率如何介定？多少人代禱才會有效？代禱者的生命和信心會否有影響？不論如何，筆者期望代禱研究有進一步的探究，假設科學能驗證代禱具功效的，這樣其療效的原因與機制是甚麼？代禱對身體結構會帶來怎樣變化的影響？在神學上亦需要探討，如果神是全知、全能及看顧世人，祂是否需要人類來提醒或催促，才會治癒某人？神如何藉代禱介入病患者身上？