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十七世纪荷兰人虎克以显微镜发现了微生物，这发现导致了来巴斯德提出了微生物为疾病之源的医学理论。有论者认为几乎同一期间中国大夫吴有性亦有类似发现，在其《瘟疫论》中他认为疾病「乃天地间别有一种异气所感……气即是物，物即是气。」

此外，中国学者程巢父认为：中国近三百年来的考据学跟西方的自然科学方法同出一辙。「顾炎武、阎若璩的方法，同伽利略、牛顿的方法是一样的；他们都能够把学说建立在证据之上。戴震、钱大昕的方法，同达尔文、柏司德的方法，也是一样的；他们都能大胆的假设，小心的求证。」

看到这里，读者会以为我想批评中国传统学术并没有现代意义的科学精神，以上所说是牵强的穿凿附会。非也，十几年前我会抱着这个想法，但今天对于什么是科学，我会采取比较开放态度。

智慧设计论饱受批评，批评者其中一个要点是：智慧设计论并不算是科学。笔者必须强调，我自己对于智慧设计论的论证方法亦有所质疑，但是，反对者认为这不是科学，未免太快终止了所有对话、探索的可能途径。

说一样东西不是科学，我们首先要探讨什么是科学的研究範围和什么是科学方法。批评者表示：科学必须要诉诸自然，而不是超自然。但科学哲学家加沙（Jeffrey Kasser）说得好：科学家首先将科学方法定义为自然方法，那么得出来的结论当然是自然的解释，将这些结果反过来探讨什么是科学方法，那当然是诉诸自然的东西。

那么，是否无法证伪的东西就不算是科学呢？宇宙和生命起源的其中一个说法是多重宇宙（Multiverse），在无穷多的众宇宙中，出现了一个适合人类居住之世界的或然率便很大。可是，谁可以将人类无法接触的多重宇宙证伪呢？

批评者说：我们知道钟錶匠制造的计时器是什么样子的，但是，人类根本无法知道所谓智慧设计者会怎样创造这个世界，现在倒果求因，无非缘木求鱼。然而，许多科学家却煞有介事地参与「搜寻外星智慧」（Searching for Extra-Terrestrial Intelligence，简称SETI）计划，相信不少人都观赏过茱廸科士打的科幻电影【接触】（Contact），SETI 的搜寻方法就好像电影中的描述，科学家监听外太空，若果有不寻常的的复杂讯息，那就可能是来自外星文明。但是，谁知道外星文明会传达什么模样的信息呢？谁见过外星人呢？然而，谁会批评这研究计画是不科学呢？

其实，以「不是科学」作为反对理据，并不只是见于宗教与科学的冲突。曾几何时，在社会科学家中，采用观察、面谈、文本分析等的「定质方法」（Qualitative methodology），被采纳统计学方法的定量（Quantitative）学派一口咬定为不科学，但是，现在这些争论大致上已平息下来，不少研究人员都采取混合了定质与定量的方法。

众所周知，在实证主义盛行的年代，实验几乎是唯一的科学方法，没有数据的「思想实验」被嘲笑为枯坐冥想式的哲学，所谓「思想实验」，就是假设不同的情况会发生什么样的可能果。来思想实验逐渐被接受为合法的科学，爱因斯坦用来挑战量子力学的Einstein-Poldalsky-Rosen Experiment（简称 EPR Experiment），就是一个思想实验。

天才科学家沃尔夫勒姆（Stephen Wolfram）二十一岁就拿到了理论物理博士学位，笔者亦曾采用过沃尔夫勒姆发明的软件Mathematica 作为研究工具，他曾经撰写一本题目是《新类型科学》（A New Kind of Science）的书，顾名思义，它提出了崭新的科学方法。可是，诺贝尔奖得主、德克萨斯大学物理学与天文学教授温伯格（Steven Weinberg）却批评这所谓「新类型科学」的可行性。

笔者并非对科学方法采取无政府主义者的立场，但同时我亦不想一下子就以「不是科学」而划地自限，我所受的研究方法训练是统计学，但自己亦会接纳定质方法；我讲求实质证据，但也欢迎思想实验；我并不完全明白沃尔夫勒姆的新科学，但参考其主张亦无妨；关于中国文化是否蕴含着科学精神，现在我要重新审视。同样道理，我希望反对创造论、智慧设计论的学者，能够以接纳多重宇宙、搜寻外星智慧的胸襟去处理问题。

（http://www.christiantimes.org.hk，时代论坛时代讲场，2007.2.2）