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因应乌克兰疫情持续，不少当地正教会（Ukraine's Orthodox，下称正教会）信徒在棕枝主日（四月十二日）选择留于家中，但乌克兰俄罗斯正教会（Russian Orthodox Church，下称俄罗斯正教会）信徒仍坚持于各教会外聚集，希望得到祝福。一日之后，基辅政府当局因为出现大型疫情爆发，宣布关闭位于首都内与莫斯科有关连的教会总部。但俄罗斯正教会领袖仍呼吁信徒继续露天聚会，参与复活节仪式，引起社会的恐慌及批评。此外，位于乌克兰的「波恰耶夫拉伏拉」（Pochayiv Lavra）修道院，是东欧最大的东正教修道院之一，在四月尾确认当地包含牧师在内的数十人受到感染及死亡案例后，当地警方把修道院所在的波恰耶夫镇（Pochayiv）封城，该镇八千名人口受影响。

在东正教复活节完结时，地方政府就呼吁波恰耶夫修道院暂时关闭，但仍有数百名信徒无视禁令前来朝圣，随后镇上传出多名修道士受感染及死亡的消息，最后乌克兰政府在四月廿二日决定把波恰耶夫镇来往的道路关闭。波恰耶夫修道院亦属于俄罗斯东正教会的乌克兰分支，每年都有数十万名朝圣者从波兰、摩尔多瓦、俄罗斯、白俄罗斯什至保加利亚前来朝圣，为镇上许多居民提供工作，因此有舆论认为地方当局不愿向宗教人士施压。

俄罗斯正教会的信仰肯定教会不会受任何实质危险影响，故在疫情初期，他们认为教会聚会可能导致感染之说是亵渎的。当乌克兰政府宣布多项隔离措施，包括关闭教会，亦在正教会信徒间引起争议。有评论认为，争议背后牵涉更大的政治角力，正教会是乌克兰的主要宗教，但该处并无国教教会。反而在乌克兰于一九九一年独立后，两间正教会的重要性提高，其两极的命运亦反映了乌克兰在后苏联时期建立国家尝试的成败。

莫斯科宗主教圣统乌克兰正教会（The Ukrainian Orthodox Church of the Moscow Patriarchate）是俄罗斯正教会的当地分支，也是该地教区数量最多的教会。多年来被视为与克里姆林宫有密切关系，并且是俄国对乌克兰影响力的源头。而在二○一九年初，正教会领袖君士坦丁堡普世牧首巴尔多禄茂赋予乌克兰正教会独立地位，标志该会正式脱离俄罗斯正教会控制。数百教区从俄罗斯正教会转至乌克兰正教会，惟亦有数千教区未有去意。