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因應烏克蘭疫情持續，不少當地正教會（Ukraine's Orthodox，下稱正教會）信徒在棕枝主日（四月十二日）選擇留於家中，但烏克蘭俄羅斯正教會（Russian Orthodox Church，下稱俄羅斯正教會）信徒仍堅持於各教會外聚集，希望得到祝福。一日之後，基輔政府當局因為出現大型疫情爆發，宣佈關閉位於首都內與莫斯科有關連的教會總部。但俄羅斯正教會領袖仍呼籲信徒繼續露天聚會，參與復活節儀式，引起社會的恐慌及批評。此外，位於烏克蘭的「波恰耶夫拉伏拉」（Pochayiv Lavra）修道院，是東歐最大的東正教修道院之一，在四月尾確認當地包含牧師在內的數十人受到感染及死亡案例後，當地警方把修道院所在的波恰耶夫鎮（Pochayiv）封城，該鎮八千名人口受影響。

在東正教復活節完結時，地方政府就呼籲波恰耶夫修道院暫時關閉，但仍有數百名信徒無視禁令前來朝聖，隨後鎮上傳出多名修道士受感染及死亡的消息，最後烏克蘭政府在四月廿二日決定把波恰耶夫鎮來往的道路關閉。波恰耶夫修道院亦屬於俄羅斯東正教會的烏克蘭分支，每年都有數十萬名朝聖者從波蘭、摩爾多瓦、俄羅斯、白俄羅斯甚至保加利亞前來朝聖，為鎮上許多居民提供工作，因此有輿論認為地方當局不願向宗教人士施壓。

俄羅斯正教會的信仰肯定教會不會受任何實質危險影響，故在疫情初期，他們認為教會聚會可能導致感染之說是褻瀆的。當烏克蘭政府宣佈多項隔離措施，包括關閉教會，亦在正教會信徒間引起爭議。有評論認為，爭議背後牽涉更大的政治角力，正教會是烏克蘭的主要宗教，但該處並無國教教會。反而在烏克蘭於一九九一年獨立後，兩間正教會的重要性提高，其兩極的命運亦反映了烏克蘭在後蘇聯時期建立國家嘗試的成敗。

莫斯科宗主教聖統烏克蘭正教會（The Ukrainian Orthodox Church of the Moscow Patriarchate）是俄羅斯正教會的當地分支，也是該地教區數量最多的教會。多年來被視為與克里姆林宮有密切關係，並且是俄國對烏克蘭影響力的源頭。而在二○一九年初，正教會領袖君士坦丁堡普世牧首巴爾多祿茂賦予烏克蘭正教會獨立地位，標誌該會正式脫離俄羅斯正教會控制。數百教區從俄羅斯正教會轉至烏克蘭正教會，惟亦有數千教區未有去意。